王育霖發現中國政府並非如他原先所期待的「祖國」

在當時許多臺灣學子從高等學校畢業後，選擇就讀醫科，但王育霖認為「讀法律才能向日本人爭取到臺灣人應有的權利」，於是在1940年報考並順利進入當時日本的最高學府-東京帝國大學法律系，他在就學期間，於1943年考取了連日本人都難以通過的日本高等文官司法官考試。因在校成績與高考成績都相當優秀，東京大學法學部的部長、日本貴族男爵的穗積重遠博士特別推薦他，最後被指派擔任日本第二大法院「京都地方裁判所」的檢察官，成為第一位殖民地出身的臺灣人日本檢察官。
1945年8月，二戰結束，王育霖希望早日回臺灣為家鄉服務，除了自己趕著回臺灣外，也協助將多位滯留在日本的臺灣人送回臺灣，因此被推舉為京都臺灣同鄉會會長。1946年2月返台後，